우리대학원은 기독교 정신에 입각하여 지도자 인격을 완성하고 학술의 이론과 응용방법을 일층 정치하게 교수·연구하며 독창적 능력을 함양하여 국가와 사회발전에 기여함을 목적으로 1979년 12월 5일 설치인가를 받아 발족하였으며, 현재의 대학원 건물(고명우기념관)은 1983년 11월 30일 신축하였다.

초대 대학원장은 학장 고황경(高凰京)박사가 겸직하였으며, 1980년 1월 29일 석사과정에 19명이(교육학과, 영어영문학과, 가정학과) 입학함으로서 첫 문을 열었다.

2023년 현재 일반대학원 석사과정 30개학과(협동과정 3개학과), 박사과정 18개학과(협동과정 2개학과), 석․박통합과정 8개 학과(협동과정 1개학과), 교육대학원 석사과정 4개 전공, 휴먼서비스대학원 석사과정 7개 전공이 설치되어 석사 4,505명, 박사 523명을 배출하였으며, 국내․외 인사 19명에게 명예박사학위를 수여하였다.